哈尼族的宗教信仰主要是多神崇拜和祖先崇拜。认为天地间存在着强有力的天神、地神、龙树神和具有保护神性质的寨神、家神等，必须定期祭祀，祈求保佑。对于给人们带来疾病和灾难的各种鬼神，则要通过祭祀和巫术加以制约、驱赶。西双版纳的哈尼族每年要祭“龙巴门”（即寨门）。

       在红河南岸哈尼族社会中，神灵鬼魂有主次之分。其主要的神有天神、地神、山神、寨神和家神。这些神灵是须臾不可怠慢的，要定时祭祀。“龙树”被认为是人类的保护神，各地每年都要祭祀。           每个村寨都有公共的龙树，有的地方如红河南岸一带还有家族自己的龙树。在西双版纳哈尼族地区，每年的羊日都是忌日，遇到不吉利的事，如寨内死人，野兽进寨，狗爬屋顶，发生火灾等也都认为是忌日，必须停止生产，进行祭祀活动，以避免灾祸降临。

        20世纪初，基督教传入部分哈尼族地区，佛教也曾在一些地区传播过，信教的人不多，影响不大。1949年以后，上述宗教活动已逐渐减少。